שיתוף פעולה ההדוק עם בי"ס היסודי אלון מתקיים מזה מס' שנים. המתנ"ס מפעיל צהרון ומערך חוגים לטובת ילדי בי"ס בשעות שלאחר הלימודים.
הצהרון פועל במהלך שנת הלימודים ומערכת החופשות חופפת לחופשות משרד החינוך. הצהרון פועל בימים א-ה בין השעות 13:00-17:00 בהדרכת צוות מיומן ומקצועי (רכזת ומדריכות). הילדים זוכים לארוחה חמה, סיוע בהכנת שיעורי בית וכן לתוכנית העשרה ופעילות חברתית. בנוסף, קיים מערך חוגים הפועל בבי"ס בין השעות 13:00-16:00, גם כאן במגוון תחומי תוכן ועניין.
מלבד בית התלמיד, המתנ"ס מקיים אירועים שונים במהלך השנה בבי"ס אלון ובשיתוף עימו - אירועי חגים, הפנינג פתיחת שנה, אירועי קיץ, שעת סיפור בספריית בית הספר ועוד.
